جلد سوم کتاب، در سه باب قضا و قدر (ایمان به تقدیر، قش قضا و قدر در عالم، نقش تقدیر در کارهای انسان، اقسام قضا و قدر، ویژگی‌های قضا و قدر، بداء در قضا، خوشبختی و بدبختی و رضا از قضا )، دوستی خدا و نزدیکی به او (تشویق به خدا دوستی، عوامل خدادوستی، خاستگاه محبوبیت در نزد خدا، موانع خدادوستی، نشانه‌های دوستداران خدا، ویژگی‌های محبوبان خدا، آثار خدادوستی و نزدیکی به خدا) و نبوّت (نبوّت عامه، پیامبران قبل از اسلام، نبوّت محمد، پایان پیامبر ی و ویژگی‌های پیامبر) تنظیم شده است.
در جلد چهارم، ششم تا هشتم، با عناوین قرآن و سنّت؛ دین، شریعت و اسلام؛ ایمان به معاد (با فصل‌هایی نظیر آخرت، مرگ، قبر، رستاخیز، حسابرسی، شفاعت، بهشت، آتش و دوزخ)، قبل از بخش سوم این حکمت نامه آورده شده است. در این جلد، بخش سوم، با عنوان حکمت های عقیدتی، اجتماعی و سیاسی، با باب اول، با عنوان امامت (شامل تداوم امامت و هدایت، فضلیت امام، حکمت امامت، شناخت امام، شرایط امامت، موانع امامت، وظایف امام، حقوق امام و شمار امامان اهل بیت) آغاز می‌شود.
در جلد پنجم، فصل‌های دهم تا بیست و یکم باب اول (استمرار امامت اهل بیت، معنای اهل بیت، منزلت اهل بیت، دوست داشتن اهل بیت، دشمنی با اهل بیت، دولت اهل بیت، غلوّ درباره اهل بیت و شیعه اهل بیت در قیامت) آورده شده است.
در ادامه، باب دوم، با عنوان امّت (عوامل پیشرفت امّت‌ها، عوامل نابودی امّت‌ها، عبرت گرفتن از امّت‌ها، فضائل امّت اسلامی، ویژگی‌های اخلاقی و رفتاری امّت محمد در دنیا، ویژگی‌های امّت محمد در قیامت، گروه‌های امّت، کسانی که امّت نامیده شده‌اند و امّت پارسیان) آمده است.
بخش چهارم، با عنوان حکمت های مربوط به جهان و انسان، از قسمت‌های پایانی این جلد بوده و آفرینش، ملکوت، فرشتگان، زمین، دنیا (شناخت دنیا، اهمیت دنیا و نقش آن در سلامتی دنیا) باب‌های اوّل تا پنجم این بخش است.
جلد ششم، با فصل سوم و چهارم از باب پنجم (عوامل دستیابی به خیر دنیا و آخرت و شناخت دنیای نکوهیده ) آغاز می شود و تا باب دوازدهم ادامه دارد:
باب ششم: اجل، باب هفتم: شیطان، باب هشتم: انسان (کرامت انسان، قلب انسان، نفس انسان، رؤیا و ورزش)، باب نهم: آرزو (نقش آرزو در زندگی، آرزوی حقیقی، امید بستن به غیر خدا، کوتاه کردن آرزو، هشدار درباره آرزوهای بیهوده، خاستگاه آرزوهای بیهوده و زیان‌های آرزوهای بیهوده)، باب دهم: برکت(عوامل برکت عمر، عوامل برکت خانه، اخلاق برکت‌آفرین، ذکرها و عبارت‌های برکت‌آفرین، کارهای برکت‌آفرین، دعاهای برکت‌آفرین، انسان‌های بابرکت، حیوانات بابرکت، زمان‌های بابرکت، خوراکی‌های بابرکت، نوشیدنی‌های بابرکت، شغل‌های بابرکت و موانع برکت)، باب یازدهم: خیر (شناخت خیر، تشویق به خیر، خاستگاه‌های خیر، آنچه از خیر خبر می‌دهد، آثار خیر و موانع خیر) و باب دوازدهم: مصیبت‌ها، بلاها و شرور (مصیبت‌ها، حکمت مصیبت‌ها، عوامل مصیبت‌ها و بلاها و شرور).
جلد هفتم، از باب یکم: تبلیغ (جایگاه تبلیغ، جایگاه مبلّغ، رسالت مبلّغ، ویژگی‌های مبلّغ، ابزارهای تبلیغ، بهره گرفتن از مثل‌ها در تبلیغ، آداب تبلیغ و آفات تبلیغ) شروع شده و با باب دوم: کودک (خانواده، وراثت، خوراک، پدر و مادر و پرورش، اخلاق تربیت، دعا برای فرزندان و وظایف کودک)، باب سوم: جوان (بهار زندگی، بهار خودسازی، بهار سازندگی و مهمترین چیزهایی که برای جوان شایسته است، الگو گیری از الگوهای خوب و مجاهدت) ادامه می‌یابد.
فصل‌های آغازی جلد هشتم ادامه بخش پنجم کتاب حکمت نامه پیامبر (ص)» با عنوان عوامل خودسازی است که شامل فصل‌های ادب، عدل، مواسات، ایثار، امانتداری، حسابرسی، نیکی، نیکوکاری، شرم، مهربانی، بردباری، نرم‌خویی، زهد، بخشندگی، سپاس‌گذاری، شکیبایی، راستی، صدقه، خاموشی، خوش‌گمانی، عفّت، گذشت، غیرت، قرض دادن، ایستادگی، بزرگواری، مردانگی، خیرخواهی، فراغت، انفاق، وفای به عهد، وقار، فروتنی، توکّل، هدیه و همت می‌شود.
باب پنجم آخر این جلد، آفات خودسازی است که فصل‌هایی از قبیل: هوس، شرک، گناه، انحصارطلبی، آزاررسانی، بخل، بدعت، بیکاری، تهمت، عیب‌جویی و سرزنش وآزمندی، وامخواری، حسد، کینه، سوگند خوردن، مواد مخدّر، نوشیدن شراب، خیانت، ریاکاری و ربا را در برمی‌گیرد.
جلد نهم، شامل این فصول است. رشوه، زنا، دشنام و ناسزاگویی، مسخره کردن، اسراف، طمع، ستمگری، بدگمانی، خودپسندی، شتاب‌کاری، شکنجه، تعصب، پیمان‌شکنی، فریفتگی، دغل‌کاری، خشم، غفلت، خیانتگری، غیبت، فخرفروشی، کشتن، نومیدی، تکبّر، دروغ، تنبلی، کفر، تکلّف، بیهودگی، لواط، نیرنگ و نفاق.
در این جلد، بخش ششم با عنوان حکمت های عبادی، با باب‌های اطاعت، عبادت خدا و کارهای شایسته (عبادت، فرمانبری از خداوند، عمل، نیت، اخلاص، خشوع، خدمتگذاری به مردم)، نماز و مقدّمات آن (وضو، اذان، تشویق به نماز، آداب نماز، نخواندن نماز و سبک شمردن آن، آثار نماز، پذیرش نماز، تعقیب نماز، روش پیامبر در نماز، نماز شب، نماز جماعت و نماز جمعه) آمده است.
جلد دهم، با باب سوم: دعا و ذکر (تشویق به دعا کردن، ارزش دعا، برکت‌های دعا، سرباز زدن از دعا و سستی در آن، بایسته‌های پیش از دعا، آداب آغاز کردن دعا و بایسته‌های هنگام دعا، پایان بخش دعا، آنچه برای دعاکننده شایسته نیست، بهترین اوقات برای دعا، با فضلیت‌ترین مکان برای دعا، رهنمودهایی درباره درست دعا کردن، حالت‌های مناسب دعا، اجابت دعا، دعا کردن برای دیگران، کسانی که پیامبر برایشان دعا کرد، نفرین کردن به دیگران، کسانی که پیامبر نفرینشان کرد، یاد خدا، آمرزش‌خواهی، پناه بردن به خدا و درود فرسادن به پیامبر) شروع می‌شود و در پایان، شناخت نامه ای درباره کسانی که مورد دعا قرارگرفته‌اند، آورده شده است.
جلد یازدهم، از چهار باب شده است: روزه (فضیلت‌های ماه روزه‌داری، میهمانی خدا، آماده کردن مردم به میهمانی خدا، دعا‌هایی برای آمادگی میهمانی خدا، چگونگی آماده شدن برای میهمانی خدا، آداب روزه‌داری، کارهایی که برای استحباب آن تأکید شده است، دعاهای ماه رمضان، اعمال مخصوص دهه آخر، نوافل ماه رمضان، شب قدر، شب قدر چه شبی است، آداب شب قدر، وداع با ماه رمضان و عید فطر)، حج و عمره (فلسفه حج و فضیلت و برکاتش، تأخیر در حج و ترک آن، اعمال حج، آداب حج، حج اصغر، وگوناگون)، امر به معروف و نهی از منکر (تشویق به امر به معروف و نهی از منکر، ترک امر به معروف و نهی از منکر، آداب امر به معروف و نهی از منکر و مراتب نهی از منکر) و جهاد (تشویق به جهاد، آمادگی برای جهاد، آداب جنگ و شهادت در راه خدا).
در آغاز جلد دوازدهم، باب بهترین مکان‌های عبادت و جنگ‌های پیامبر آمده و سپس باب هشتم (مکه، خانه خدا و متعلقات آن، مدینه و مسجد) و بخش‌های هفتم و هشتم، آورده شده است:
بخش هفتم، با عنوان حکمت های اخلاقی و اجتماعی، در چهار باب: دوستی (تشویق به دوستی، تأکید به دوستی در راه خدا، عوامل دوستی، آثار دوستی برای خدا، آفات دوستی، گزینش دوست، آداب دوستی، احکام دوستی، نقش مهرورزی در تأسیس حکومت اسلامی و تجدید آن)، آسیب‌های جامعه (دشمنی، جدال و بگومگو، کوچک شمردن دیگران، تفرقه و فساد)، خانواده (ازدواج، نیکی به پدر و مادر، صله رحم و طلاق) و حکمت های حقوقی (حقوق، حدود، داوری، شهادت در داوری، قصاص، مشارکت و زکات).
بخش هشتم، با عنوان حکمت های اقتصادی، با باب اول: توسعه (اهمیت پیشرفت اقتصادی، برکت‌های پیشرفت اقتصادی، عقب‌ماندگی اقتصادی، توسعه نوید داده شده در اسلام، و فقر ستوده و فقر نکوهیده).
جلد سیزدهم، با باب دوم از بخش هشتم: پایه‌های توسعه (بر نامه ریزی، کار، بازار، معرفت و دوست) آغاز می‌شود و با باب‌های سوم: خاستگاه‌های توسعه (خاستگاه‌های اعتقادی، خاستگاه‌های حقوقی، خاستگاه‌های اخلاقی، خاستگاه‌های عبادی، خاستگاه‌های اجتماعی و خاستگاه‌های بهداشتی)، چهارم: موانع توسعه (موانع اخلاقی، موانع اجتماعی و موانع عملی) و پنجم: آفات توسعه (ثروت‌اندوزی، ناز پروردگی، زمینه‌های آفات توسعه و موجبات مصونیت از آفات توسعه) ادامه می‌یابد.
بخش نهم، با عنوان حکمت های پزشکی و بهداشتی بخش پایانی این جلد است که سه باب دارد: پزشکی (پزشکی از دیدگاه قرآن و حدیث، آداب و احکام طبابت و توصیه‌های پژشکی)، درمان (منافع بیماری، وظایف بیمار، پرستاری و عیادت بیمار) و غذاها و گیاهان دارویی.
در جلد چهاردهم، این کتاب، بخش دهم، با عنوان حکمت های گوناگون آورده شده است . این بخش، دارای 47 فصل است: خوردن، مجلس، زیبایی، همسایگی، مقام، تسبیح، طلب خیر، رحمت، نیازخواهی، شادمانی، مسافرت، خانه، سلطان و پادشاه، سلام کردن، شعر، بَدان، مشورت، شهرت، دست دادن، صلح، مصیبت، خنده، مستضعف، میهمانی، عطر، پوزش‌خواهی، زبان عربی، عزّت، عشق، فال نیک و فال بد، شماری از قواعد فقهی، سخن، لباس، زبان، نفرین، سرگرمی و بازی، ستایش، شوخی عوامل رستگاری، نگاه، نعمت، خواب و بیداری، وصیت، میهن، اندرز، هجرت، و یتیم.
